O acervo do Museu Nacional de Belas Artes teve origem no conjunto de obras de arte trazido por D. João VI de Portugal, em 1808, ampliado alguns anos mais tarde com a coleção reunida por Joachin Lebreton, que chefiou a chamada Missão Artística Francesa, formando a mais importante pinacoteca do país. Este núcleo original foi enriquecido com importantes incorporações ao longo do século XIX e início do século XX.

Com a construção da nova sede da Escola Nacional de Belas Artes, em 1908, projeto do arquiteto Moralles de los Rios, este acervo passou a ocupar parte do novo prédio, sendo o Museu criado oficialmente em 13 de janeiro de 1937.